پذیرش سطوح3 و 4
یکی از واحدهای معاونت آموزش، واحد پذیرش می‌باشد. پذیرش این مرکز بر اساس مقررات و آیین‌نامه امور مراکز تخصصی حوزه علمیه، انجام می‌گیرد.
هر ساله توسط معاونت آموزش و امور مراکز تخصصی حوزه علمیه قم، تاریخی، جهت ثبت‌نام داوطلبین اعلام می‌شود. در فرآیند ثبت‌نام و پذیرش، داوطلبینی که واجد شرایط هستند ثبت‌نام می‌کنند و پس از بررسی شرایط آنها توسط معاونت آموزش حوزه علمیه، اسامی نهایی، جهت انجام مصاحبه و مراحل بعدی، به مراکز تخصصی اعلام می‌شود.
معاونت آموزش مرکز تخصصی مذاهب اسلامی، با استفاده از اساتید مجرب و سابقه‌دار این مرکز، مصاحبه علمی از تک‌تک داوطلبین به عمل می‌آورد. داوطلبین علاوه بر احراز شرایط اعلام شده از طرف حوزه علمیه قم، بایستی شرایط خاص این مرکز را هم داشته و از عهده مصاحبه علمی مورد نظر اساتید هم برآیند. از جمله موارد مصاحبه آشنایی با ادبیات، فقه، اصول، مسائل مربوط به جامعه اهل‌سنت، وهابیت و همچنین معتقد بودن به تقربیب بین مذاهب اسلامی بر اساس منویات امام خمینی(رحمت الله علیه) و امام خامنه‌ای (مدظله العالی) می‌باشد. داوطلبین متعهد می‌شوند برنامه‌های تبلیغی به مناطق مشترک داشته باشند. و همچنین در صورت نیاز استقرار به منظور تبلیغ و یا مدیریت‌های فرهنگی را در برنامه‌های خود منظور کنند.