ارتباطات بین‌المللی جمعی از فضلای حوزه به‌انگیزه گفت‌وگو و تعامل دینی و مذهبی و معرفی اسلام راستین و تشیع ناب، سبب شد که در سال ۱۳۷۳ شمسی جمعی از دانشوران حوزه علمیه قم گرد هم آمدند تا در سه رشته ادیان ابراهیمی (مسیحیت و یهودیت)، ادیان شرق (بودیسم، هندوئیسم، خاور دور و ایران باستان) و مذاهب اسلامی (مذاهب کلامی) تخصص یابند. این گروه در دوره‌ای چهار ساله افزون بر مطالعه در این سه رشته، با زبان‌های انگلیسی، عربی معاصر، سنسکریت و عبری نیز آشنا شدند.
مطالعات ادیان و مذاهب تا سال ۱۳۸۳ شمسی ادامه داشت. به دنبال تلاش‌ها و پیگیری‌ها برای تربیت نیرو در حوزه ادیان و مذاهب، سرفصل‌های سه رشته تدوین شد و به وزارت علوم، تحقیقات و فناوری پیشنهاد شد. شورای عالی گسترش وزارت علوم، سرفصل‌ها را تصویب کرد و آن‌گاه در سال ۱۳۸۴ شمسی با عنوان «مرکز آموزش عالی مطالعات و تحقیقات ادیان و مذاهب»، در مقطع تحصیلات تکمیلی نخستین گروه دانشجویی مشغول به تحصیل شدند.
از آن‌جا که برخی رشته‌ها نخستین بار در کشور تدریس می‌شد، اعضای هیئت علمی، سرفصل شش رشته را تهیه و تدوین کردند و پس از تصویب این سرفصل‌ها در وزارت علوم، خود برای تدریس آن سرفصل‌ها پای پیش نهادند.
وزیر علوم تحقیقات و فناوری در سال ۱۳۸۷ شمسی ارتقای مرکز آموزش عالی مطالعات و تحقیقات ادیان و مذاهب را به «دانشگاه ادیان و مذاهب» پذیرفت.
وزارت علوم، تحقیقات و فناوری با این ارتقای رتبه به دلیل مطابقت کیفیت آموزشی دانشگاه با موازین قانونی، موافقت قطعی کرد و نیازی به گذراندن مرحله «موافقت اصولی» ندید. در این‌باره وزیر وقت علوم، تحقیقات و فناوری، در نامه‌ای به حجت‌الاسلام والمسلمین سید ابوالحسن نواب، مؤسس و رئیس دانشگاه ادیان و مذاهب نوشت:
«شورای گسترش آموزش عالی در جلسه مورخ ۳۱ فروردین ۱۳۸۷ خود با ارتقای مؤسسه آموزش عالی غیردولتی ـ غیرانتفاعی ادیان و مذاهب به «دانشگاه غیردولتی ـ غیرانتفاعی ادیان و مذاهب» موافقت قطعی به عمل آورد.»
پس از این، رفته‌رفته ده‌ها رشته در زیرمجموعه چندین دانشکده تعریف و تأسیس شد تا صدها داوطلب و علاقه‌مند از دو طریق آزمون اختصاصی و سراسری در مقاطع کارشناسی ارشد و دکتری، در دانشگاه ادیان و مذاهب پذیرش شوند. از سال ارتقای مؤسسه آموزش عالی ادیان و مذاهب به دانشگاه ادیان و مذاهب تا سال 1395شمسی پنج دانشکده "ادیان"، "مذاهب اسلامی"، "شیعه‌شناسی"، "فلسفه" و "زن و خانواده" هر کدام در سه رشته فعالیت داشته‌اند و این در حالی است که پس از آن چند دانشکده دیگر مانند دانشکده "عرفان" و "زبان و فرهنگ ملل" مجوز تأسیس و راه‌اندازی را دریافت کردند.
مرکز آموزش‌های الکترونیکی(غیر حضوری) دانشگاه ادیان و مذاهب نیز از سال1391 با بهره‌گیری از اساتید و آموزش‌یاران آشنا با فنون آموزش الکترونیکی، با مجور رسمی از وزارت علوم، تحقیقات و فناوری، کار خود را آغاز نموده است. این مرکز می‌کوشد آموزش رشته‌های حضوری این دانشگاه را رفته‌رفته در بخش غیرحضوری نیز گسترش دهد که این امر در توسعه آموزشی و پژوهشی دانش ادیان و مذاهب نقش بسیاری خواهد داشت.