در پرتو پیروزی انقلاب شکوهمند اسلامی ایران، بار دیگر دین و معرفت دینی، به‌ویژه تعالیم متعالی اسلام، به عنوان فکر و فرهنگ مترقی و نجات‌بخش آدمی، در عرصه‌ی حیات انسان معاصر ظاهر شد. تجدید حیات تعالیم وحیانی و ارزش‌های اسلامی، از سویی سبب بیداری و خودباوری ملت‌های مسلمان و احیای روح ستم‌ستیزی در آنان شد، و از دیگرسو باعث نمایان‌تر شدن سست‌پایگی مسلک‌ها و مکاتب بشری و نظام‌های مبتنی بر آنها گشت.
بایستگی تحقیقات دقیق و منسجم، نظریه‌پروری و نوآوری پیرامون زیرساخت‌های اندیشه‌ی دینی و نظامات اجتماعی مبنی بر آن، و ضرورت پرداخت علمی و روزآمد به حوادث واقعه‌ی فکری، به فراخور شرایط کنونی و درخور این رستخیز عظیم و نیز لزوم آسیب‌شناسی در حوزه‌ی فرهنگ ملّی و باورداشت‌های رایج دینی، به منظور زدودن پیرایه‌های موهوم و موهون از ساحت قدسی دین و تبیین و عرضه‌ی صحیح و دفاع معقول از اندیشه‌های دینی و صیانت از هویت فرهنگی و سلامت فکری اقشار تحصیل‌کرده و نسل جوان کشور، تأسیس نهاد علمی ـ پژوهشی و آموزشی، دانشگاهی و حوزوی ممحض و کارآمدی را فرض می‌نمود. بر این اساس پژوهشگاه فرهنگ و اندیشه‌ی اسلامی به عنوان یک نهاد علمی ـ فکری که در موارد بعدی این اساسنامه به اختصار «پژوهشگاه» نامیده می‌شود، حسب‌الامر و بر اساس نظر رهبر فرهیخته‌ی انقلاب اسلامی آیت‌الله العظمی خامنه‌ای (مدّظله‌العالی) و با تلاش‌های فراوان آیت‌الله علی‌اکبر رشاد، در سال ۱۳۷۳ تأسیس شده است.